Station de travail haut de gamme
Configuration super station de travail
Le chercheur avait besoin de remplacer son ancien serveur constitué de 4 processeurs AMD Opteron ,512 Go de mémoire et 5 disques durs en RAID 5. Cette machine sert à faire de la visualisation d'images générées par microtomographie en rayon X (à Grenoble) et des calculs longs sur Mathematica.
La nouvelle machine à les caractéristiques suivantes :
Processeur AMD 64 coeurs/128 fils
Refroidissement par water cooling (eau)
512 Go de mémoire vive, extensible à 2 To
4 disques SSD NVME sur la carte mère
2 disques de 18 Go SATA
Une carte graphique NVIDIA RTX3080Ti
Un écran incurvé 4K (3840 x 2160)
Cette super station consomme 800W à pleine charge. Elle peut tourner dans un environnement normal, et ne nécessite pas une salle machine à ~20C.
Nous avons conçu l'architecture de cette machine, acquis les composants auprès des sources les moins chères pour chacun d'eux, avant d'assembler le tout courant novembre 2021.
280W et 55C à pleine charge.
Tous les processeurs à 100%
64 cores/128 threads @3,2Ghz
Comment faire tourner cette machine à 100% ?
Une des premières chose à faire après avoir installé une telle machine est de tester sa fiabilité. Mais comment la charger à 100% autant en processeur qu'en carte graphique ?
Le but est double :
Faire tourner la machine à 100%
Faire quelque chose d'utile (de l'électricité consommé).
Il est finalement assez simple de les atteindre : il suffit de la faire calculer pour la bonne cause ! En rejoignant le World Community Grid, qui forme le calculateur le plus puissant du monde, le micro processeur pourra être utilisé à 100%, et pour la carte graphique le projet Folding@Home est parfait.
Ce sont des projet en recherche médicale nécessitants des millions d'heures de calculs. Nous décrivons plus bas comment cela fonctionne et comment vous pouvez vous aussi y participer.
Qu'est ce que le World Community Grid et Folding@Home ?
Le principe est le même dans les deux cas : il s'agi t de calcul distribué : on prend un énorme calcul, on le découpe en petits morceaux, et on le distribue à qui veut bien participer au projet. Chaque personne disposant d'un ordinateur peut donc lui demander de calculer quand il n'arien d'autre à faire. Cette charge est minime, et donc n'interfere pas avec l'utilisation normale de son ordinateur.
Les projets sur lesquels cette machine à calculé sont :
Mapping Cancer Markers
Open Pandemics Covid-19
Project 18424 (folding@home)
Le premier projet est lié à la recherche en cancérologie. Il s'agit de faire des calculs sur des millions de données récoltés à partir d'organes (rein, foie, prostate, ovaires, etc.) chez des individus sain et atteint par un cancer. Le but est de rechercher des marqueurs qui permettront de mieux cibler la thérapie pour un patient donné. En effet, on constate que le développements des cancers n'est pas le même selon les individus, donc le traitement devrait pouvoir lui aussi être ajusté. [ https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.s ]
Le second projet à pour cible le coronavirus, à l'origine du Covid-19. En simulant un nombre extraordinaire d'expérience de biologie moléculaire, un traitement efficace peut 6etre trouvé. Le but est plus large que le Covid-19, par la création d'un outil qui pourra être mis en place très vite pour trouver le plus rapidement possible des traitements lors de la prochaines pandémie. Cette méthode est mis en place par le World Community Grid. Le projet Folding@Home oeuvre aussi à la lutte contre le Covid-19 en étudiant le fonctionnement des protéines virales. [ https://www.worldcommunitygrid.org/research/projects.s ] [ https://foldingathome.org/home/?lng=fr ]
Enfin, le projet 18424 est lui aussi dédié à la recherche contre le cancer. En résumé, c'est une nouvelle technique qui va à contresens de ce que l'on fait actuellement : pourquoi ne pas fabriquer soit même des protéines plutôt que d'observer celle qui existe déjà ? [ https://www.function-structure.org/research ]
Au bout de 48 heures, cette machine à déjà abattu un nombre de calculs phénoménal !
Les calculs en cours, chacun prend environ 2 jours.
Comment installer les logiciels et rejoindre notre équipe
Le World Community Grid est basé sur du calcul par le processeur, et non la carte graphique. Peu importe sa puissance, sur la durée, il produit des résultats, et ceux-ci sont utiles. Le logiciel va adapter la longueur des calculs à la puissance de votre ordinateur, pour ne pas lui confier un calcul qu'il mettrait des mois à compléter.
L'application se nomme BOINC et on la télécharge à partir de là : https://www.worldcommunitygrid.org/download/select
Le logiciel est tout petit et en français. Il occupe peu de mémoire, rarement plus de 200Mo, pareil en espace disque. Pour l'utilisation du processeur, vous le réglez comme vous voulez.
Folding@Home (site en français) pour les projets qui tournent principalement sur carte graphique (mais pas que), à télécharger depuis ce site : https://foldingathome.org/start-folding/?lng=fr Pour ceux qui ont une carte graphique Nvidia, il faut installer les pilotes CUDA (depuis le site de NVIDIA).
Sur ces deux site il est préférable de s'ouvrir un compte : une adresse email suffit. Ensuite il est possible de rejoindre une équipe. Notre équipe se nomme Free Donne, et on la rejoint en cliquant ici : https://www.worldcommunitygrid.org/team/viewTeamInfo.do?teamId=K1SWPWJZVX1 .
Notez bien que cela ne vous empêchera pas de voir vos résultats personnels, il seront simplement aussi crédités sur le compte de l'équipe.
Pour Folding@Home, il suffit de saisir : 209493 dans le champ « Team Number » (lien « Change Identity » depuis la page https://client.foldingathome.org/.
N'hésitez pas à nous contacter en cas de problème de configuration.
Addendum